El edificio de la Aduana comenzó a construirse en 1791, y las obras no concluyeron hasta 1842. Desde hace más de un año, el Palacio de la Aduana guarda en su interior una profunda remodelación.El proyecto supone la recuperación del perfil original del palacio y sus cubiertas a dos aguas, que desaparecieron en el incendio de 1922. La ministra de Cultura, Ángeles González-Sinde, acompañada por el consejero del ramo, Paulino Plata, y de los arquitectos del proyecto, ha visitado el recinto y ha mantenido la apertura del futuro del museo para el plazo previsto, es decir, entre finales de 2012 y principios de 2013.
González-Sinde se ha felicitado por la buena marcha de los trabajos y ha adelantado que el Museo de Málaga (con sus secciones de Bellas Artes y Arqueología) será "uno de los más importantes de España". Por su parte, el arquitecto del proyecto Fernando Pardo ha recordado que el futuro equipamiento cultural tendrá más de 14.000 metros cuadrados útiles después de una remodelación presupuestada en 25 millones de euros.